Sumarbúðirnar í Vatnaskógi bjóða upp á fermingarnámskeið á haustin og vorin fyrir kirkjur. Á námskeiðunum er boðið upp á vandaða fræðslu fyrir þátttakendur sem að öðru jöfnu er kennd af starfsfólki Vatnaskógar og presti viðkomandi kirkju. Hátt í 2000 unglingar koma á hverju ári í Vatnaskóg og njóta fræðslunnar og staðarins á fermingarárinu sínu.